株式を譲渡した場合には、その株式等の譲渡による事業所得、譲渡所得、又は雑所得については申告分離課税となっており、他の所得と区分して確定申告することになります。なお、給料が2,000万円以下の給与所得者で、株式の譲渡益が20万円以下の方は確定申告は不要です。
| （譲渡所得の場合） 株式等の譲渡所得＝総収入金額（譲渡価額）−（取得費＋取得費に加算される相続税＋借入金の利子＋委託手数料＋譲渡に要した金額） |
| （事業所得又は雑所得の場合） 株式等の譲渡所得＝総収入金額（譲渡価額）−（取得価額＋借入金の利子＋委託手数料＋その所得の業務について生じた費用） |
| （注） | （取得費に加算される相続税） 相続、遺贈により取得した株式を相続税の申告書の提出期限の翌日以後3年以内に譲渡した場合には、一定の算式により計算された金額を取得費に加算することができます。 |
| （注） | （借入金の利子） 譲渡した年中（譲渡の年の1月1日から譲渡の日まで）に支払うべき金額 |
平成21年1月1日以後に支払を受ける上場株式等の配当については、「申告不要」、「総合課税」又は「申告分離課税」の選択となります。
「申告分離課税」を選択した場合には、申告する上場株式等の配当等の全額を申告しなければなりません。
上記１．の計算により損失が生じた場合、その損失額は他の株式の譲渡による所得及び申告分離課税を選択した上場株式等に係る配当所得（大口株主等が受けるものを除く）から差し引くことはできますが、それ以外の所得（給与所得等）から控除（損益通算）することはできません。（損益通算する場合は確定申告書への記載が必要です。）
| （１） | 上場株式等を証券会社を通じて売却したことによる損失のうち、上記３．でも控除しきれない金額は、翌年以降3年間繰越控除できます。 | |
| （２） | 手続き | |
| Ａ． | 譲渡損失が生じた年分の確定申告書に、譲渡損失の計算に関する明細書及び譲渡所得の計算に関する明細書を添付 | |
| Ｂ． | その後連続して確定申告書を提出している | |
| Ｃ． | 控除を受ける年度の確定申告書に譲渡損失の計算に関する明細書を添付 | |
| （３） | 繰越控除対象 | |
| Ａ． | その年分の株式譲渡益 | |
| Ｂ． | その年分の上場株式等の配当等 | |
居住者等が証券会社に開設した非課税口座内の上場株式等で、その非課税口座を開設した日の属する年の1月1日から10年以内に生ずる配当所得及び譲渡所得に対しては、所得税及び住民税が非課税となります。
また、非課税口座内の上場株式等の譲渡損失はなかったものとみなされますので、非課税口座以外の配当及び譲渡損益等とは損益通算は出来ません。
この非課税制度は平成26年1月1日以後の配当及び譲渡について適用されます。
| 非課税口座の内容 | |||
| （１） | 開設者 | − | 居住者等（その年の1月1日において20歳以上であるもの） |
| （２） | 開設手続き | − | 証券会社に非課税口座開設届出書とその年分の非課税口座開設確認書を添えて提出（平成25年10月1日から証券会社に提出 |
| （３） | 開設数 | − | 年間1人につき1口座 |
| （４） | 開設期間 | − | 平成26年から平成28年までの3年間 |
| （５） | 保有期間 | − | 口座開設した年から10年間 ただし、途中で譲渡した場合の譲渡部分の金額を再度利用することは不可 |
| （６） | 非課税投資額 | − | 口座開設した年に新たに取得した価額の100万円以内（未使部分を翌年に使用することは不可） 最大で300万円（100万円×3年間） |
| 譲渡の内容 | 期間 | 所得税税率 | ||
| 所得税 | 住民税 | 合計 | ||
| 証券会社を通した上場株式等 | 平成15年分から 平成25年分まで |
7% | 3% | 10% |
| 平成26年分以降 | 15% | 5% | 20% | |
| 上記以外の株式等 | 平成16年分以降 | 15% | 5% | 20% |
| （１） | 証券会社に一定の要件を満たす特定口座を開設 |
| （２） | 簡易申告口座 特定口座内における上場株式等の譲渡による譲渡所得等の計算は、他の株式等の譲渡による所得と区分して計算することができます。 （特定口座年間取引報告書により簡易申告） |
| （３） | 源泉徴収選択口座 特定口座内で生じる所得に対して源泉徴収することを選択した場合、その特定口座における上場株式等の譲渡による所得は申告不要とすることができます。（配当金を受取った時の税金参照） （特定口座年間取引報告書により申告か申告不要を選択） ただし、他の口座での譲渡損益と相殺する場合や、上場株式等に係る譲渡損失の繰越控除の特例の適用を受ける場合には、確定申告をする必要があります。 |